En la Copa Libertadores 1990 el Barcelona comenzó en el Grupo A, en donde tuvo que clasificar con desempate. Ya en los octavos de final derrotó al Club Atlético Progreso de Uruguay, mientras que en los cuartos de finales se enfrentó al Emelec al cual también derrotó. En semifinales el Barcelona tuvo que enfrentar al River Plate de Argentina, obteniendo la victoria mediante una tanda de penales, con lo cual clasificó a la final. La final de la Copa Libertadores de 1990 fue disputada entre el Barcelona y el Club Olimpia de Paraguay.



El partido de ida fue en la ciudad de Asunción el 3 de octubre, con la asistencia de Juan Daniel Cardelino (ARG) como árbitro, donde el equipo local derrotó al Barcelona por 2-0. En el partido de vuelta, disputado en la ciudad de Guayaquil en el Estadio Monumental Isidro Romero Carbo el 10 de octubre, con la presencia de Juan Carlos Loustou (URU) como arbitro central, el Barcelona no pudo dar vuelta al resultado empatando a 1 con el equipo paraguayo. El Olimpia se convirtió en el campeón de la edición de 1990 de la Copa Libertadores de América, mientras que el subcampeón, Barcelona, se convitió en el primer equipo ecuatoriano en jugar una final de este torneo internacional. A comienzo de los años 1990, Barcelona incrementaría sus títulos, tal cual es el caso del décimo primer título nacional alcanzado en 1991, y luego por dos años consecutivos quedó subcampeón. En el año de 1995 ganó su décimo segundo campeonato ecuatoriano, hecho que volvió a ocurrir en el año de 1997, con lo cual clasificó a la Copa Libertadores de 1998.

Para la Copa Libertadores 1998 el Barcelona llegaría nuevamente a la final del torneo, derrotando en su trayecto a equipos como Cerro Porteño, Club Bolívar, Colo-Colo, entre otros. La final la disputó contra el Club de Regatas Vasco da Gama de Brasil. El partido de ida se desarrolló en la ciudad de Río de Janeiro el 12 de agosto, con la asistencia de Gustavo Méndez (URU) como árbitro central, donde el equipo local derrotó al Barcelona por 2-0. En el partido de vuelta, disputado en la ciudad de Guayaquil en el Estadio Monumental Isidro Romero Carbo el 26 de agosto, con la asistencia de Javier Castrilli (ARG) como árbitro central, el Barcelona no pudo dar vuelta al resultado perdiendo a 1-2 con el equipo brasileño. El Vasco da Gama se convirtió en el campeón de la edición de 1998 de la Copa Libertadores de América, mientras que el subcampeón, Barcelona, perdía su segunda oportunidad de convertirse en el monarca del fútbol continental.

El campeonato ganado en 1997 fue el último título obtenido por el Barcelona. Durante más de una década el club no ha podido ganar el campeonato y a esto se le suma las escasas ocasiones que ha participado en la Copa Libertadores de América.

Para la Copa Libertadores 1998 el Barcelona llegaría nuevamente a la final del torneo, derrotando en su trayecto a equipos como Cerro Porteño, Club Bolívar, Colo-Colo, entre otros. La final la disputó contra el Club de Regatas Vasco da Gama de Brasil. El partido de ida se desarrolló en la ciudad de Río de Janeiro el 12 de agosto, con la asistencia de Gustavo Méndez (URU) como árbitro central, donde el equipo local derrotó al Barcelona por 2-0. En el partido de vuelta, disputado en la ciudad de Guayaquil en el Estadio Monumental Isidro Romero Carbo el 26 de agosto, con la asistencia de Javier Castrilli (ARG) como árbitro central, el Barcelona no pudo dar vuelta al resultado perdiendo a 1-2 con el equipo brasileño. El Vasco da Gama se convirtió en el campeón de la edición de 1998 de la Copa Libertadores de América, mientras que el subcampeón, Barcelona, perdía su segunda oportunidad de convertirse en el monarca del fútbol continental.

El campeonato ganado en 1997 fue el último título obtenido por el Barcelona. Durante más de una década el club no ha podido ganar el campeonato y a esto se le suma las escasas ocasiones que ha participado en la Copa Libertadores de América.

 

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