Para el torneo de 1942, Argentina, Brasil y la Alemania nazi presentaron sus candidaturas, pero tras el inicio de la Segunda Guerra Mundial la FIFA decidió la suspensión de todos los eventos mientras el conflicto perdurase, provocando la cancelación de los torneos de 1942 y 1946. En ese último año, la FIFA decidió que la Copa Mundial fuera reanudada tan pronto como fuera posible. Como la mayoría de los países europeos estaban devastados por la guerra, ninguno tenía la capacidad para organizar el torneo, por lo que Brasil presentó su candidatura y fue electo por la FIFA para realizar la Copa Mundial de Fútbol de 1950.

Diversos países se retiraron del torneo, incluida la India (por pretender jugar con futbolistas descalzos) y Argentina, el múltiple campeón de Sudamérica durante la década de 1940 por decisión interna, reduciendo el número de participantes de 16 a 13. Sin embargo, el evento marcó el ingreso por primera vez de los diversos equipos del Reino Unido a los procesos clasificatorios. Así, Inglaterra participó por primera vez en la Copa Mundial, mas fue eliminada rápidamente a pesar de su favoritismo. Tras la primera ronda, Brasil, España, Suecia y Uruguay se clasificaron a un grupo final de donde saldría el campeón del torneo. El seleccionado brasileño derrotó por sendas goleadas a los equipos europeos, por lo que su victoria parecía asegurada.

En el último partido, Brasil se enfrentaría a Uruguay, que había tenido una irregular actuación, con una victoria sobre Suecia y un empate ante España. Por lo tanto, aunque no se tratase de una final, el campeón saldría de ese último partido, en el que a Brasil le valía un empate. Todo estaba listo en el Estadio Maracaná para las celebraciones del triunfo brasileño ante cerca de 175.000 espectadores,los diarios locales ya habían anunciado el partido como el de la primera victoria mundial de Brasil. Pero los uruguayos lograron derrotar a los brasileños y coronarse campeones, después de remontar un 1-0 inicial, para acabar con un 1-2. El llamado "Maracanazo" es considerado como una de las más grandes sorpresas en la historia del deporte. En el otro partido, Suecia vence a España por 3-1 obteniendo el tercer puesto y dejando a los ibéricos en cuarta posición.

En 1954, la Copa Mundial regresó a Europa cuando Suiza, país neutral durante la guerra, fue la sede de la V Copa Mundial. Durante el desarrollo del torneo se produjeron tres de los partidos más recordados en la historia de la competición. En los cuartos de final, el "Equipo de oro", nombre con el que se conocía al equipo de Hungría, se enfrentó a la selección brasileña, que después del "Maracanazo" decidió cambiar el color blanco de su camiseta por el actual amarillo con ribetes verdes. El partido, que enfrentó a dos de las mejores escuadras del torneo, se convirtió en uno de los encuentros más infames de la historia: la excesiva violencia hizo que fuera conocido tradicionalmente como la "Batalla de Berna", en la que participaron tanto jugadores como entrenadores.

En la misma ronda, Austria derrotó a Suiza por 7-5, en el encuentro con mayor número de goles anotados en la historia. La final sería disputada el 4 de julio de 1954 en el Wankdorfstadion, entre los húngaros, que vencieron en el alargue a Uruguay en lo que fue la primera derrota uruguaya en los mundiales, y la Alemania Federal, equipo que regresaba al torneo luego de la prohibición establecida tras la derrota germana en la Segunda Guerra Mundial. Ambos equipos se habían enfrentado en la primera ronda y los magiares habían goleado 8-3 a sus rivales, por lo que una victoria de la Alemania Occidental parecía imposible. Sin embargo, los alemanes alcanzaron la victoria por 3-2 derrotando al combinado liderado por Ferenc Puskás y alzaron por primera vez el trofeo Jules Rimet. El encuentro conocido como el "Milagro de Berna" es considerado como uno de los hechos que marcaron el fin del período de posguerra de Alemania y su renacer. Prueba de ello es la película sobre el partido, titulada "El milagro alemán".